很简单：
/boot/grub/grub.cfg是给传统Legacy引导的GRUB用的配置文件。
/efi/ubuntu/grub.cfg是给现代UEFI引导的GRUB用的配置文件。
不同的GRUB会去找对应的grub.cfg看配置。
不过一般安装好后，打开/efi/ubuntu/grub.cfg你会看到里面只有这么几行字：
search.fs_uuid a4b1bb59-b7f9-41fb-90f1-35aa3c37aa6d root
set prefix=($root)'/boot/grub'
configfile $prefix/grub.cfg
想必您也猜出大意来了：
EFI版的GRUB一启动，就会先来找/efi/ubuntu/grub.cfg看配置。结果这个配置文件这么说的：
你先找一个uuid为a4b1bb59-b7f9-41fb-90f1-35aa3c37aa6d的分区去，把它标成root，
然后设了个变量叫prefix，把它设成这个root里/boot/grub这个路径
好了，去看这个路径下面另外那个叫grub.cfg的文件吧，我不管了。
再明显不过，这个root分区就是系统的/。
所以说，用efi引导GRUB，它找的配置文件不是/boot/grub/grub.cfg，而是在efi目录里的那个grub.cfg。不过这个文件把它指向了/boot/grub/grub.cfg。所以嘛，它最终还是去找了/boot/grub/grub.cfg。
这也给了个提示，grub-update等命令修改的是/boot/grub/grub.cfg。所以如果哪天改过什么然后发现这样改grub不生效的话，考虑打开efi分区里那个grub.cfg，看一看它search.fs_uuid所指的那个分区究竟是不是你的系统分区吧。（当然，如果你的boot就在一个单独分区里的话，这个东西指向的UUID会是您boot分区的UUID，然后下面prefix会set到($root)’/grub’。）
同时似乎也说明，把/boot/grub/grub.cfg直接copy到/efi/ubuntu/grub.cfg，应该也能用，不过会把grub-update淦蒙圈，所以最好别折腾了还是。
原文地址：http://www.cnblogs.com/izwb003/p/boot-grub-gurbcfg_and_efi-ubuntu-grubcfg.html
